自然资源部南海局设11个内设机构：
（一）办公室。负责局内日常运转工作。承担会议安排、机要文电、信息综合、督查督办、政务公开、资料档案、保密保卫、维稳信访、应急管理、新闻宣传等工作。负责海区海洋事务的综合协调。负责海区内的军警地协调对接。
人员编制：6名。其中，主任1名，副主任1名，其他工作人员4名。
（二）海洋自然资源管理处。负责海区海洋自然资源管理涉及宏观调控、区域协调和陆海统筹的政策实施。承担海区海洋自然资源资产核算、价值评估。监督管理海区海洋矿产、油气、海洋能等自然资源合理开发利用及有偿使用。承担海区海洋经济调查、监测和评估和规划政策实施相关工作。负责行政规范性文件等合法性审查工作。承担海区海洋事务的行政复议、行政应诉有关工作。组织开展法治宣传教育。
人员编制：5 名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（三）海域海岛管理处（海洋国土空间规划处）。承担海区海洋空间类、发展类规划相关工作，实施海域、海岛、海岸带和近岸陆域一体化管理。开展海洋国土空间开发适宜性评价。对海洋国土空间规划的实施进行监测评估和预警。负责海区海域海岛监督管理和海底电缆管道铺设审批管理相关工作。负责权益岛礁和领海基点等特殊用途海岛的保护管理。监督专属经济区和大陆架的自然资源开发利用以及人工岛屿、设施和结构的建造使用等活动。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（四）海洋生态修复处。组织实施海区海洋生态预警监测和海洋生态保护修复工作。组织开展海区典型海洋生态系统、海洋资源环境承载力、海洋生态红线的监测评估。负责海区海洋生态修复重大备选项目相关工作。监督管理海区海域、海岸线和海岛修复等重大生态修复工程。监督检查地方海洋生态保护红线制度实施、生态保护与整治修复工作。承担海区海洋生态保护补偿工作。组织实施海洋生态、海域海岸带和海岛修复制度、标准规范。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（五）海洋自然资源调查与科技处。组织实施海区海洋自然资源的基础调查、专项调查和监测评价。开展海洋科学调查与勘测。承担海区海上测绘活动和涉外海洋科学调查研究活动的监督管理工作。参与极地、深海的调查、监测和科学考察工作。负责海区海洋科技、海洋测绘与地理信息、国际合作交流等有关工作。承担海区海洋科技成果、标准计量、海洋信息档案、海洋基础数据及资源样品等管理工作，开展海区卫星遥感等高新技术体系建设。承担外事管理工作。开展推动海区海洋新兴产业发展的相关工作。参与海洋权益研究。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（六）海洋预警监测处（军民融合办公室）。组织海区海洋观测预报业务运行，开展海洋断面调查。承担海区国家全球海洋立体观测网建设与管理。指导海区地方政府海洋预警监测工作，监督管理社会力量参与海洋预报活动。组织海区海洋预报、灾害警报和公报的编制发布等工作。组织开展海洋灾害的监测预警、风险排查和调查评估。承担海区海洋领域军民融合深度发展有关工作。参与重大海洋灾害应急处置。组织开展极地、深海及重要航线海洋环境安全保障工作。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（七）海洋督察室。落实海区海洋督察工作制度、工作计划。统筹组织协调海区海洋督察工作。对海区内地方人民政府执行党中央、国务院关于海洋自然资源和国土空间规划重大方针政策、决策部署及法律法规的情况进行督察。开展海洋督察工作调研、培训。
人员编制：4名。其中，主任1名，副主任1名，其他工作人员2名。
（八）安全生产处（船舶管理处）。负责机关和所属单位的安全生产工作。负责船舶飞机和陆岸设施的规划建设、运行管理、维修保障、调度指挥等工作。
人员编制：4名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员2名。
（九）财务与资产管理处。拟定财务、资产和政府采购等有关规章制度并监督实施。负责机关和所属单位财务及国有资产监管。负责组织部门预决算、政府采购、国库集中支付、内部审计工作。负责机关财务管理工作。管理基本建设及重大专项投资、重大装备。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（十）人事处。负责机关和所属单位的干部人事、劳动工资和教育培训管理等工作。指导全局人才队伍建设工作。
人员编制：5名。其中，处长1名，副处长1名，其他工作人员3名。
（十一）离退休办公室。负责机关并指导所属单位的离退休管理工作。监督指导海警未转隶离退休人员的管理工作。
人员编制：3名。其中，主任1名，其他工作人员2名。
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。设机关党委办公室。
人员编制：4名。其中，主任1名，副主任1名，其他工作人员2名。
机关纪委。负责机关和所属单位的纪律检查工作。开展对所属单位巡察等相关工作。设机关纪委办公室。
人员编制：4名。其中，主任1名，副主任1名，其他工作人员2名。
第六条 自然资源部南海局所属事业单位的具体职责和机构编制事项另行规定。
