金鱼姬是一条活泼好动的小鱼，一次偶然的机会，它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时，刚好来海边度假的男孩宗介路过，帮它解困，从此人鱼相识。宗介把金鱼抱回家里喂养，一起玩耍，感情甚笃。宗介为她取名为“波妞”。
由于海员父亲终日出航，宗介只得跟母亲相依为命，这让他的性格孤僻自闭，甚至对长辈也不理不睬。但是，遇到波妞后，宗介逐渐改变了对生活的冷漠态度，这也让他慢慢修复了性格中的缺陷。一次意外的海啸中，宗介撞伤了身体，波妞沾染到了人类的血，飘回了大海之中。原来海洋中还有另外一个世界，那里有个操控水文环境的古怪男子藤本，因为发现了人类污染环境的丑陋，所以自造了另一个水中世界。
波妞想变成人，于是她借用妹妹们的力量，偷取父亲的魔法，想要再次回到有宗介的世界里去。最后，波妞在母亲的帮助下，变成了个5岁的小女孩，与宗介在一起了！
