全剧结构大体可分为四个部分：
第一部分从第一出《听稗》到第十二出《辞院》主要写侯、李的结合及由合而离，同时联系复社文人对阮大铖的斗争，左良玉欲东下就粮，为马、阮迫害侯方域埋下伏线。
第二部分从第十三出《哭主》到第二十出《移防》主要写侯方域的活动，同时联系拥立福王，马、阮当权，史可法被排挤，四镇内哄，朝政黑暗，展示了统治阶级内部派系斗一争的日益尖锐，为南明覆亡安下了伏笔。第十七出《拒媒》插入李香君的拒嫁田仰，使情节有变化，同时成为后而戏剧矛盾激发的张本。
第三部分，从第二十一出《媚座》到第二十五出《选优》主要写李香君的活动，通过马、阮对李的残酷迫害，从而揭示了南明统治集团腐朽的本质，以及李对爱情的坚贞，在政治斗争中的鲜明态度和疾恶如仇的优秀品质。
第四部分，从第二十六出《赚将》到第四十出《入道》，通过马、阮倒行逆施，大捕复社文人，以及左兵东下声讨马、阮，史可法困守扬州，对统治集团的分崩离析作了集中的反映，展示了明末广阔的社会图景。南明亡后，使入狱入宫的侯、李得以重合，最后他们却割断儿女私情，双双入道修真。
