干挑：燕窝下了水以后，颜色容易变黄，营养也会有一定程度的流失。如果不是要在近期食用而是要长期保存湿水则比较不利，因为燕窝容易因湿度过大而产生霉菌。所以对于要长期保存的燕窝，我们就直接对其进行挑毛而不需要泡水。 燕窝最多毛的地方是燕窝中间支撑蛋只及小燕的纤细网状物即燕网。一般燕窝表面的小毛都会含在丝中，可等湿挑再清理。
湿挑：立即食用的燕窝就可以采取湿挑的方式，将燕窝放入水中泡软后再挑毛。一般的浸泡时间是2-4小时，不同产地的燕窝浸泡时间有异，可根据实际情况确认。燕窝泡软、松散后即可； 接下来，将泡好的燕窝捞起来，将燕窝撕成条状，以方便挑毛。在挑毛的时候可以然后准备一个碗，装上清水，开始挑毛，先挑大毛、后挑小毛。用专用的镊子把毛挑出然后放进清水碗即可。由于有的小毛会含在丝里，这里有一个方法可以比较简易去除。用一个较大较深的盆盛燕窝，然后开大水龙头，用水力冲击燕窝，这样深层的毛就会被打上来，等燕窝沉下去后把水倒掉，就能把小毛滤去。
