自然保存：将菠萝蜜切开后，将剩下的菠萝蜜用保鲜膜包好放在阴凉潮湿处，可保存5～6天时间。
冷藏储存：将菠萝蜜果肉取出，装入保鲜袋或保鲜盒中放入冰箱等冷藏容器里，这样可保存一周时间，但菠萝蜜果肉中营养成分会大量流失，口感也会大打折扣。
通风晾干：菠萝蜜如果过多，可以将其果肉中取出，然后用清水将其全部清洗干净，再将其摆放在散光通风处，使果肉中的水量逐渐流失，将其加工成菠萝蜜干，这样可使其保存的时间更长，但口感会有很大的变化，营养也会大打折扣。
催熟保鲜：如果菠萝蜜没有成熟，那么千万不要将其切开，可需其喷洒适量的乙醚，或在菠萝蜜表皮擦上白酒放在阳光下催熟，然后再使用保鲜膜、保鲜袋、冰箱等工具给其保存，如果没有成熟的菠萝蜜保存，保存起来很容易变质。
切开吃不完的菠萝蜜连皮放进家里的冰箱去，但要记住在放进去之前，要给菠萝蜜封上一层保鲜膜。放进冰箱保鲜后，想吃了随时都可以从冰箱拿出来，风味还是一样的美味。但要记住最好在5天之内把剩下的菠萝蜜吃完，不然超过了5天，菠萝蜜会发酵变质，到时候就不好吃了。
