大蛇丸的儿子叛逃的原因是:大蛇丸的儿子巳月暴露了自己的仙人模式,受到了有心人的觊觎,为了保护自己的儿子巳月,大蛇丸和木叶村就合作,安排巳月离开木叶村,以叛忍的身份在外修行,并且暗中保护木叶村,可以说这是一个非常无奈的选择。