二者的主要区别如下：
第一、 臭牡丹和臭毛丹的种类不一样：其中臭牡丹是马鞭草科大青属植物；而臭毛丹则是茜草科鸡矢藤属。
第二、臭牡丹和臭毛丹的外观不一样：其中臭牡丹是灌木，高可达2米，叶柄密被脱落性的柔毛；小枝近圆形，叶片纸质，宽卵形或卵形，边缘具粗或细锯齿，侧脉表面散生短柔毛，苞片叶状，披针形或卵状披针形，花冠淡红色、红色或紫红色，核果近球形；而臭毛丹是藤状灌木，无毛或被柔毛。叶对生，膜质，卵形或披针形，顶端短尖或削尖，基部浑圆，有时心状形，叶上面无毛，在下面脉上被微毛；在上面柔弱，在下面突起，花有小梗，生于柔弱的三歧常作蝎尾状的聚伞花序上；花冠紫蓝色，果阔椭圆形，压扁，小坚果浅黑色。
