水煮连翘果实最佳的采收时间是在7月底到9月底之间。因为它的果实在7月底的时候重量会达到顶峰。若是想要采收老翘，应在青翘开始成熟后就进行采收，否则连翘苷的含量会下降。要选择优势母株。选择生长健壮、枝条间短而粗壮、花果着生密而饱满，无病虫害，品种纯正的优势单株作母树。注意观察开花、结实的时期，掌握适宜的采种时间。
 采集要及时，避免种子成熟后自行脱落。一般于9月中、下旬到10月上旬采集成熟的果实。要采发育成熟、籽粒饱满、粒大且重的连翘果，然后薄摊于通风阴凉处，阴干后脱粒。经过精选去杂，选取整齐、饱满又无病虫害的种子，贮藏留种。
