明洪武十四年(1381年)，朱元璋派大将傅友德、沐英率军队攻占云南；为了维护在云南的统治，开始施行屯田戍边，设立的15卫、2千户，多次调军入滇，当时屯兵总数达到30多万。除了屯田的官兵，当时还有大量的平民被强制移民云南地区。当时应天府柳树湾地区，因靠近皇城，成为强行拆迁区，还有一些商贾大户以及那些犯了罪或被强行加上罪名的人，统统都被发配充军到了当时的不毛之地——云南。
经历的明朝对云南的大规模开发，大批汉族人口移民云南，在多数平坝区，汉族成了云南地区主体民族，同时也使云南的经济和文化都取得了极大的进步。
1253年，忽必烈派蒙古军队征服大理国，1276年正式建立云南行省，并派遣亲王带兵镇守。
色目人赛典赤·赡思丁任平章政事，省会中庆路(现在的昆明)，自此昆明取代大理成为云南的政治中心。
当时大批色目人及蒙古人移居云南，形成今天的云南回族和蒙古族。
另外当时还有一批契丹族跟随蒙古大军进入云南，现在云南保山地区阿、莽、蒋姓的“本人”就是当时契丹族的后裔。
