工业提炼鱼肝油主要采取淡碱水解法，即采用淡碱液，将鱼肝蛋白质组织分解，破坏蛋白质与肝油间结合，使鱼肝油得到分离。提炼的要点如下：
①鱼肝油生产原料主要是鲨鱼肝、鲐鱼肝、大黄鱼肝等新鲜鱼肝脏，可用盐腌或冷藏方法预以贮存。采用盐腌法时，鱼肝要除去胆囊，用冷水洗净，切成小块，加10～30%食盐拌匀，装于桶内。采用冷藏法时，如果保存时间不长，可用冰或冰盐保藏；如果保存时间较长，必须置于-15℃冷库内贮藏。
②将鲜肝或部分脱盐后的盐腌肝切碎成浆。
③将肝浆注入水解锅，加适量水后加热至40℃，加入淡碱液，使水解液ph达9～10。
④继续升温至80℃，水解1～2小时至肝浆呈现黑色无粘性时过筛，除去肝渣等杂质，注入保温锅内并保持80℃。用离心机分离水解液得肝油。
⑤加入约15%盐水进行盐析，盐析温度为80℃，分离蛋白质等杂质。
⑥盐析后的肝油用80℃热水洗油数次，至洗涤水呈中性为止。除去粗制鱼肝油中高凝固点的固体脂肪，避免低温季节析出结晶。将粗油逐渐降温，一般先在7～10℃预冷7天左右，再经-2～4℃继续冷却3天以上，使粗油的中心温度降至0～1℃。在0～1℃的温度条件下压滤，将粗油制成清油。
⑦冷滤所得的药用清鱼肝油，因原料不同，维生素含量也不同，不能符合药典要求，添加一定量维生素a和维生素d或用一定量精炼植物油稀释，配制成所需的适当浓度。
