1.氯制剂。种类多，通过在水中形成的次氯酸的氧化作用而达到杀菌的效果。该类消毒剂易受环境因子影响，药效一般随着水温、pH 值的升高而加强。当水体有机物过多时，药效显著下降；另一方面，氯制剂对水产动物刺激性也较大。
2. 溴制剂。该产品在水体中形成次溴酸，破坏病原菌膜结构，使卤素结合蛋白质分子，从而杀菌。广谱杀菌制剂，效果持久，不易挥发，对金属腐蚀性小，易分解，对环境污染小。
3. 碘制剂。主要为季铵盐络合碘的形式。碘能氧化病原体胞浆蛋白的活性基团，并与蛋白质结合，使巯基化合物、肽、蛋白质、酶、脂质等氧化或碘化，从而达到杀菌效果。碘消毒剂为广谱消毒剂，能杀灭大部分细菌、真菌和病毒。
