有以下四点区别：
1. 湖畔大学建立于2015年, 西湖大学2016年。
2. 湖畔大学的金主是马云, 而西湖大学的金主是马化腾。
3. 湖畔大学目的是商业化人才, 而西湖大学目的是研究型学校。
4. 湖畔大学在阿里总部淘宝城旁边, 而西湖大学在阿里的云栖小镇里。
1、性质不同
西湖大学的前身为浙江西湖高等研究院（成立于2016年），由清华大学副校长施一公教授、南方科技大学校长陈十一教授、中国科学技术大学常务副校长潘建伟教授、首都医科大学校长饶毅教授等科学家发起筹建。
湖畔大学一般指浙江湖畔创业研学中心，湖畔坚持公益性和非营利性，主张坚守底线、完善社会。
2、举办人不同
西湖大学是一所由社会力量举办、国家重点支持的非营利性的新型高等学校，由杭州市西湖教育基金会举办。
浙江湖畔创业研学中心由柳传志、马云、冯仑、郭广昌、史玉柱、沈国军、钱颖一、蔡洪滨、邵晓锋九位企业家和著名学者共同发起创办。
3、校长不同
2018年2月14日，教育部正式批复同意浙江省设立西湖大学。杨振宁任西湖大学校董会名誉主席，钱颖一教授为校董会主席，施一公教授担任西湖大学首任校长。
浙江湖畔创业研学中心第一任校长将由马云担任。第一批学员将在2015农历新年后开班。学员入学湖畔大学条件是创业三年以上、团队超过30人。
