一、正面评价
1、革法明教
商鞅通过变法将秦国改造成富裕强大之国，为秦国将来统一六国，建立一统天下的秦朝，起到至关重要的作用。历朝历代对于商鞅进行的富国强兵的变法都有极高的评价，例如：
蔡泽评价商鞅：夫商君为秦孝公明法令，禁奸本，尊爵必赏，有罪必罚，平权衡，正度量，调轻重，决裂阡陌，以静生民之业而一其俗，劝民耕农利土，一室无二事，力田稸积，习战陈之事，是以兵动而地广，兵休而国富，故秦无敌于天下，立威诸侯，成秦国之业。
2、尽公不为私
商鞅执法不避权贵，治理国家殚精竭虑、尽公不为私的精神也得到了广泛的肯定。范雎评价商鞅：夫公孙鞅事孝公，极身毋二，尽公不还死，信赏罚以致治，竭智能，示请素，蒙怨咎，欺旧交，虏魏公子卬，卒为秦禽将，破敌军，攘地千里。
3、军事才能
此外，商鞅作为统帅为秦国攻城略地，拓地千里，许多著作将商鞅与当时的名将并称。《汉书·刑法志》将商鞅与吴国的孙武、齐国的孙膑、魏国的吴起并称；《荀子·议兵篇》将商鞅与齐国的田单、楚国的庄????、燕国的乐毅并称。
二、负面评价
1、人性刻薄
司马迁对商鞅评价不高，他认为商鞅用肤浅的帝王之术取悦秦孝公、通过秦孝公的宠臣景监走门路这些不光彩手段获得重用后，在秦国国内采用近乎“暴力”的手段进行快速改革、处罚公子虔、欺骗公子卬、不听赵良的劝告，这些足以证明他是个刻薄少恩的人。
2、加剧贫富悬殊
董仲舒批评说：商鞅废除井田，导致“富者田连仟伯，贫者亡立锥之地”。班固认为商鞅变法加剧了百姓的贫富悬殊以及诸侯国之间相互兼并，严重地影响了社会的安定。班固还批评商鞅鼓励发动战争，致使横尸遍野、生灵涂炭。
3、滥用酷刑
商鞅变法时所设的连坐之法，增加肉刑、大辟，有凿顶、抽肋、镬烹之刑。商鞅执法严酷，曾在渭河边一日处决囚犯七百人，河水因此变红，号哭之声惊天动地。
商鞅严格执法、滥用酷刑的行为招致普遍的怨恨，汉昭帝时的贤良文学也认为商鞅的严酷刑法是造成秦朝快速灭亡的重要原因，《旧唐书》甚至将商鞅称为酷吏。
4、愚民政策
记录商鞅言行的《商君书》作为一部法家学派作品，其中充斥着大量愚民政策以及法家士子为帝王稳固政权，剥夺百姓人权的观点。例如：《商君书》中认为国家与人民是矛盾的关系。人民强大，则国家虚弱。所以想要国家强大，则必须削弱人民。
