这是中国封建社会最主要的两项中央行政制度，三省六部制是对三公九卿制的发展与完善，但二者之 间也存在众多的不同。
（1）确立和盛行的时代不同。三公九卿制确立于秦朝，盛行于汉朝；三省六部制确立与隋朝，盛行于 唐朝；
（2）内部结构不同。三公九卿制是综合性的中央行政机构，其中行政、军事、监察融为一体，皇帝的 家政国政混为一谈；三省六部制则是集决策、审议、行政为一体的中央行政机构，各部门之间的分工更 加明确，彼此相互制约；
（3）丞相的组成和地位不同。三公九卿制下的丞相只有一个，协助皇帝处理全国政事，有相对独立的 决策、审议和行政大权，对皇权有较大威胁；三省六部制下，三省的长官都是宰相，彼此的分工使相权 一分为三，这就削弱了相权，提高了皇权；
（4）作用和地位不同。三公九卿制的确立使专制主义中央集权制度建立起来；三省六部制的确立则使 专制主义中央集权制度趋向于完善。
