三公九卿制和三省六部制都是为了加强皇权。两者的不同在于，三公九卿制以丞相为首，一定程度上加强了相权，削弱了皇权。而三省六部制提高了行政效率，变相削弱了相权，有利于解决皇权和相权之间的矛盾。
区别如下：
1、三公九卿是由皇帝任免；三省六部官员的升迁任免由吏部掌管。
2、三公九卿可以世袭；三省六部无法世袭。
3、三公九卿是官员人事制度；三省六部是国家行政机构。
4、三公九卿制是综合性中央行政体制，行政、军事、监察权力融为一体，帝政、国政混为一谈；三省六部制是集决策、审议、行政为一体的中央行政体制。
5、三公九卿制使专制集权建立并趋向巩固；三省六部制使专制集权步向完善。
