牛奶沉淀是由于牛奶中的脂肪球聚集在一起，并向下沉淀在牛奶下部形成沉淀物。这是一种物理现象，也是自然现象，不需要添加其他物质或化学反应来引起。
当牛奶静止时，较轻的乳清会浮在牛奶表面，而较重的脂肪球则会下沉，导致牛奶分成两个层次。
牛奶沉淀的原因可能有三种：
蛋白质变性凝固物、中性磷酸钙沉淀物和干酪素沉淀析出物。其中，蛋白质变性凝固物是因为牛奶在运输过程中的颠簸、摇晃和贮存过程中的高温等原因，造成牛奶蛋白的不稳定，出现少量沉淀物。中性磷酸钙沉淀物是因为牛乳中的矿物质大部分与有机酸结合，以可溶性的盐类形式存在，磷酸盐在状态不稳定的情况下则会转化成不溶性的中性磷酸钙，出现沉淀物。干酪素沉淀析出物是因为牛奶变质后，奶中的乳酸菌繁殖很快，把奶中的乳糖分解成乳酸，产生白色沉淀物。这种情况下的牛奶除了有沉淀还会变酸、变色，切记不可饮用，食用以后可能会引发不良反应。
