诗词只是陈寅恪的末技，他在学问上的成就最高的是在佛学、历史、语言学。
陈寅恪长期致力于史学研究工作，研究范围甚广，他对魏晋南北朝史、隋唐史、宗教史（特别是佛教史）、西域各民族史、蒙古史、古代语言学、敦煌学、中国古典文学以及史学方法等方面都作出了重要的贡献。大家知道他的贡献主要是来源于他在逃难中所著的《隋唐制度渊源略论稿》、《唐代政治史述论稿》。这是在逃难之中，全然没有翻阅、查验前人作品，完全凭借心中的学问和知识写成的。而实际上陈寅恪对中国历史的贡献，最大的是“历史学”的突破。中国人以前研究历史，都是《史记》、《汉书》之类的历史记载、考据核实。而陈寅恪提出了“史识”的概念，“史识”并非历史观，而是经过对历史事件的分析而获得自己的认识。这种认识，才是研究历史真正要追求的。同时陈寅恪对历史的研究方法，也有重大开拓。是改变了几千年史学的研究性途径、新方法。
也就是说，从陈寅恪开始，中国人研究历史的方法，改变了。陈寅恪研究历史，不单纯沿着帝王将相、历史事件的脉络来研究，而是打散、重组，注重横向联系，以多种学问相互融合为方法，来得出历史结论。比如说他的重点研究南北朝的历史，他侧重的是门阀集团的分类、流变和相互影响。于唐代历史的研究，也提出了“陇西集团”的概念来解释李唐的兴起。这种综合式的的横向、多角度研究，不再仅限于帝王记事的研究方法，就是从陈寅恪开始。一直到今天，我们还是这么做的。这也是为什么我们今天有些朋友觉得他的研究也没什么新意，那是因为我们一直承袭了他的研究方法。而陈寅恪是在渊博的知识之上，建立了这套研究方法的人。
 陈寅恪还是语言文学大家。至于他懂多少国的文字，是不是中间有虚假的吹捧成分，我们不管他，但是他用语言文字的发展来探索历史发展的规律，从文学作品中来验证历史。语言文学和历史互证，也是陈寅恪研究的一大发明。从诗里面读出历史来，就是因循陈公子的套路。这方面的研究，必须具备语言、文学、历史三方面的综合研究能力，对于横跨清华文史哲三大家的陈寅恪来说，这种研究可以说是必然结果。陈寅恪掌握梵文和巴利文，最初的佛经就是从梵文翻译为汉语，或者是从梵文翻译为巴利文再翻译为汉语的。这就让他对佛学研究有了天然的便利条件，在语言方面的造诣，没有其他人能达到，那么相对来说对原始佛学的研究，也难有其他人能达到。他的学生季羡林，同样得益于梵文和巴利文，主要学术成就就在于佛学和印度文化。
至于为何后来花费十年时间去写《柳如是别传》，一直是国学界、文学界的争论热点。其实，治清史一直是陈寅恪的心愿，但是由于这关系到他自己家族，他认为他本人并不适合来做这个事情，所以一直没有动笔。否则的话，也不至于让我们今天的清史研究陷入一种似是而非的状态。但是《柳如是别传》写的就是清朝的事情，虽然不是历史，不过作为“以诗证史”的发明者，陈寅恪面对这个史料稀有的青楼女子，是如何考据的呢？他都是通过柳如是的诗和钱谦益的诗来考证的，正是“以诗证史”，从诗作里寻找历史渊源。毫无疑问，《柳如是别传》的考证是准确的、精细的，也是全面的。陈寅恪写柳如是，其实是借写柳如是来写明末清初那一段历史
中国现代文学最富盛名的学者之一，集历史学家、古典文学研究家、语言学家、诗人等多个文学身份于一身，更有知名学者赞誉其学问，近三百年来仅其一人，可见才学博古通今，实为集大成者。
