1939年，戴笠用重金将它买下，改造为迫害革命者的监狱。1943年“中美特种技术合作所”成立，白公馆作为中美合作所第三招待所，关押人员被移往附近的渣滓洞。
抗战胜利后，白公馆作为特别看守所关押周佛海等大汉奸。1946年底，渣滓洞看守所关闭，关押人员全部迁回白公馆，直属由军统局改组后的保密局管理。此外，重庆行辕第二看守所有20多人寄押于此。1949年11月27日，军统特务对关押在此的革命者进行大屠杀，近30人遇难。一人在刑场身中数枪未死，侥幸逃生；19人在看守帮助下越狱脱险。
白公馆是解放战争即将胜利之时国民党关押政治犯的监狱，在重庆解放前夕，这些革命志士被疯狂屠杀。
