巴氏消毒和高温消毒通常称巴氏灭菌和高温蒸汽灭菌，巴氏灭菌和高温灭菌区别是工作原理不同，使用设备不同，保存时间不同。
巴氏灭菌是在60至70摄氏度左右的温度进行灭菌的，并保持该温度半个小时以后迅速将其冷却到4-5℃。而高温灭菌是在135至150摄氏度下进行操作，且持续加热时间仅为2-8s，以此来达到无菌要求。
巴氏灭菌在一定程度保留了一些细菌芽孢以及部分耐热，有益的细菌，所以经巴氏灭菌后的食品需要低温冷藏保存，保温温度大概在4℃，一般保存一周左右，最多不超过两周。
而高温蒸汽灭菌由于其经过高温杀菌，微生物含量极少，因此保质期很长，且因为其高温灭菌的持续时间较为短暂，还保留了食品原先的口味和营养。
对食品进行高温灭菌时，通常使用蒸汽或热交换器，而巴氏灭菌使用专门的巴氏杀菌机。
巴氏杀菌和蒸汽除菌都是湿热消毒和灭菌的方法，只是因灭菌对象不同而采取的两种方法。
巴氏消毒法用较低温度杀灭病原微生物或特定微生物而保持物品中所需的不耐热物质的方法。方法有两种:一是61.1～62.8℃30min,另一是71.7℃15~30s，目前主要用于牛乳消毒。
蒸汽除菌中的流通蒸汽消毒法是利用一个大气压下100℃水蒸汽进行消毒，经10～30min细菌繁殖体被杀死，但对芽孢作用不大，常用于食品、餐具和不耐高热物品的消毒。
加压蒸汽灭菌法通常在103.4kPa的压力下达121.3℃，维持15~20min可杀灭所有细菌的繁殖体和芽孢。
本法适用于耐高温、耐湿物品的灭菌，如培养基、生理盐水、手术敷料等。
