二者的区别如下：
第一、 种类不一样：其中金丝木是苏木科属的大乔木；金丝楠木是樟科楠属植物；而金丝檀木则是是山榄科胶木属。
第二、外观不一样：其中金丝木高达40m，胸径最大可达2m。本属30种；金丝楠木是大乔木，高达30余米，树干通直，小枝通常较细，有棱或近于圆柱形，被灰黄色或灰褐色长柔毛或短柔毛；而金丝檀木常绿乔木，高约35 m，胸径可达1.0 m，材表具有明显的深棱槽，槽棱明显，略似红厚壳。树皮厚1.0-3.0 cm，质硬脆，易块状脱落。外皮青灰褐色，具有深龟裂，纵裂深，横裂浅。内皮红褐色；韧皮纤维较发达；石细胞发达，颗粒状，主要集中于外皮部位。新鲜树皮受伤后会渗出白色树液。
第三、分布地区不一样：其中金丝木分布于西非地区，常从非洲、南美、利比里亚进口，量较大；金丝楠木则主要产于中国四川、湖北西部、云南、贵州及长江以南省区；而金丝檀木的本属植物约115种，分布于亚洲东南部和太平洋岛屿
