如果水泵轴承生锈了，可以采取以下措施进行处理：
1. 清洗：首先需要将轴承从水泵上取下，然后用柔软的刷子将生锈的部分进行清洗，可以使用清洁剂或者酸碱溶液来清洗。
2. 润滑：清洗完毕后，使用适当的润滑油或润滑脂对轴承进行润滑，确保轴承能够顺畅运转。
3. 替换：如果轴承的生锈程度较为严重，清洗和润滑无法恢复其正常运转，就需要将轴承进行更换，更换时要选用合适的型号和规格的轴承。
4. 防护：为了避免轴承再次生锈，可以在水泵上安装密封装置或进行防护措施，保持环境干燥，并注意定期检查和维护轴承的状态。
