训练家可以在自己的秘密基地里放置家具，但是最多只能放置16个。主角可以在秘密基地里奔跑，但是不能骑自行车。
绿岭市的一个男孩会提醒主角自己的秘密基地的位置。
如果玩家和其他宝石版游戏混合记录，那么那些玩家的秘密基地也会出现在自己的游戏中（包括那些玩家以前通过混合记录得到的秘密基地），但是新出现的秘密基地并不属于玩家，会有一个NPC在里面。
当打败四天王之后，玩家可以在这些秘密基地中挑战NPC，NPC所使用的队伍是混合记录时的对方的队伍。
挑战每天一次（以0点计），NPC使用小偷获得的道具并不会保留。
如果主角赢了，可以获得经验值、钱等等，如果主角输了，只会被送回最后一次前往的神奇宝贝中心而不会丢钱。
