在昆明注册公司的申请流程如下：
1. 登录昆明市工商行政管理局网站，在网上办事大厅中选择“企业注册申请”。
2. 阅读并同意相关条款后，填写申请表格。表格需要填写公司名称、经营范围、股东信息等基本信息。
3. 提交申请后，系统会生成一个申请号，并要求支付注册费用。注册费用可通过网银或支付宝进行缴纳。
4. 缴费后，需要上传并提交必要的证明文件，如营业执照副本复印件、股东身份证明等。
5. 按照要求，完成线下办理工作，如领取并盖章公章等手续。
6. 等待审核。审核周期一般为3至5个工作日，如无问题则审核通过。
7. 审核通过后，领取营业执照原件。可以选择到工商行政管理局窗口办理或邮寄方式。
8. 重新登录昆明市工商行政管理局网站，在网上办事大厅中选择“企业开业登记”，填写详细信息。
9. 提交开业登记后，按要求缴纳开业登记费用。
10. 完成开业登记后，即可开始正式运营。
需要注意的是，具体的申请流程可能会有一些细微的差别，建议在申请前仔细阅读网站相关指南，并咨询当地工商行政管理局以获取准确信息。
