一、土壤原因
大葱根系不是很发达，土质硬土壤板结厉害，土质酸化等都会导致大葱根系烂根的情况，解决办法是葱韭蒜不见面，不与这些作物连作，进行合理轮作，多用腐熟的农家肥，少用化肥，改良土壤环境，并补充大葱生长所需养分，可有效减轻大葱烂根现象。
二、田间管理不当
大葱生长期间长期处于涝田中，大葱便很容易出现烂根，但是大葱生长期，要做好排水防涝工作。
三、病虫害导致
大葱烂根主要有大葱病虫害造成根腐病、软腐病等病虫害都会引起大葱烂根，根腐病可以用甲霜灵锰锌灌根，防止病菌发生，软腐病，可用农用硫酸链霉素来喷洒，每隔7-10天喷洒一次，连续喷洒2-3次，可有效杀死病菌。根蛆可用辛硫磷或敌百虫对大葱灌根。
