山东航空主要的运营基地设置在山东济南和山东青岛,再有就是烟台,厦门,重庆,北京,这些基地属于山东航空的第二运营基地。另外山东航空还在海口,昆明,乌鲁木齐,贵阳也设有飞行基地,形成了东西贯穿,南北贯通,覆盖全国及周边的航线网络。