消毒柜的消毒方法主要是两种，一种是臭氧，不产生高温，没有任何限制。另外一种是红外线（也可能是紫外线），这种方法产生温度，因此，塑料制品。纸制品等怕热易燃物品不能在这里消毒。口罩等小件物品可以用微波炉消毒，杀菌效果比消毒柜要好，只是要设置好，别着火了。
臭氧消毒是利用一个游离的氧原子与其他原子结合的原理进行消毒，因此凡是不稳定的、非天然东西在臭氧环境中都可能发生化学反应，比如，蓝墨水通过臭氧可以变成无色。所以，剩菜中的酱油、味精之类的东西都会有反应，建议不要使用消毒柜加热或者消毒剩菜。
搪瓷、陶瓷、金属器具都可以消毒。
