黑死病（即鼠疫）14世纪中（中国元朝末年）横扫欧洲，估计30 ~ 50％的人因而丧命。以后三百年，黑死病反覆侵袭欧洲，疫情依旧惨重。例如1604年，英格兰约克市一年内丧失了1/4的人口。不过，根据古DNA的证据，黑死病史上第一次现身是西元6世纪君士坦丁堡的查士丁尼大疫。
现在丹麦的古DNA专家在欧洲史前人骨上找到了现代鼠疫桿菌（Yersinia pestis，又译耶氏桿菌） 的祖先，那些人骨分别出土于新石器时代晚期、铜器时代、铁器时代的遗址，距今5,000 ~ 2,800年前。专家估计，五千年前鼠疫已是欧亚大陆上的风土病，只不过那时鼠疫桿菌还没有演化出那么强的毒性。
研究人员发现，直到951 BC（西周时代），鼠疫桿菌才获得基因ymt，得以在跳蚤肠道中生存。跳蚤使鼠疫桿菌更容易在温血动物中传播
