世界卫生大会是世卫组织的最高决策机构。它一般于每年5月在日内瓦举行会议，并由所有193个会员国派代表团参加。其主要职能是决定本组织的政策。卫生大会任命总干事，监督本组织的财政政策，以及审查和批准规划预算方案。它同样审议执行委员会的报告，就可能需要进一步行动、研究、调查或报告的事项对其作出指示。
执行委员会由34名在卫生专门技术方面著有资格的委员组成。当选委员任期为3年。执委会主要会议于1月举行，商定即将召开的卫生大会议程和通过呈交卫生大会的决议，第二次较短会议于5月紧接卫生大会之后举行，审议较为行政性的事项。执委会的主要职能是执行卫生大会的决定和政策，向其提供建议并普遍促进其工作。
世卫组织秘书处配备约3500名定期任用的卫生和其它专家以及支助工作人员，在总部、六个区域办事处和国家工作。
本组织的首长为总干事，由卫生大会根据执行委员会提名任命。
