碱性介质下的甲烷燃料电池）负极：CH4+10OH - - 8e-===CO32- +7H2O 正极：2O2+8e-+4H2O===8OH-。总反应方程式为：CH4+2O2+2KOH===K2CO3+3H2O。
（酸性介质下的甲烷燃料电池）负极：CH4-8e-+2H2O===CO2+8H+ 正极：2O2+8e-+8H+===4H2O；总反应方程式为：2O2+CH4===2H2O+CO2。
甲烷燃料电池缺点：
燃料来源不普及：氢气的储存可说是困难又危险，而甲醇、乙醇、或天然气缺乏供应系统，无法方便的供应给使用者。
无标准化的燃料：现今市面上有以天然气、甲烷、甲醇与氢气等作为燃料的电池，虽然提供消费者很多种选择，但因为没有单一化及标准化的燃料，要能够营利是困难的，而且燃料种类的更换有可能使现有的供应系统进行改装，产生额外的费用。
