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1、创始人不一样：北少林传说源于达摩祖师，是中国禅宗的祖庭，少林武学的发源地。关于南少林，相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于"僧兵"，并准许在全国各地建立十座分寺。
2、创立的时间不一样：北少林始建于魏晋，至今已有1500年左右的历史，是蓟县县志记载的当地最早的佛教寺院，也是天津最早的寺院。南少林建于南朝初年(公元577年)，是南少林武术文化的发源地。
3、争议不一样：少林寺一般指的是河南登封嵩山少林寺，也就是北少林。大量的资料显示南少林的确存在过，但却在清朝时因参与反清复明活动被清廷镇压了，是彻底焚毁还是改名换姓，至今尚被研究者争论。
