采用适合合理科学的方法对君子兰进行杂交，可以有效的提高君子兰杂交的成活率和成功率。
下面就君子兰杂交育种过程中需要注意的一些具体事项进行说明：
杂交亲本的选择： 君子兰杂交后代表现的性状，在于父、母本双亲的优劣。只有选择性状优良的亲本，才能产生优质的杂交后代。因此，选择杂交亲本应掌握的基本原则是，综合性状良好、亲缘关系远、系统发育历史短、遗传可塑性大、花期相遇的品种。
花粉采集与处理 ：选择生长健壮无病害的父本，在上午露水干后取下成熟花药，用毛笔将花粉刷下在牛皮纸上，收集到玻璃器皿内。花粉最好当日采集当日使用，保持新鲜，增加受精率。如父本先开花，母本开花迟，可将花药放入装有干燥剂的瓶内，置于0℃至4℃的冰箱中贮藏，能维持7至15天的生命力。
去雄： 母本植株花初开，花药未成熟前，将小花中的雄蕊全部剪除。之后及时套上透明纸袋，防止自然传粉。
授粉： 君子兰杂交授粉最好在母本花柱头成熟，释放出粘液时进行。一般于晴天上午9至10点授粉。午后光照强、温度高，柱头上粘液减少，接受花粉能力弱，受精几率减少，影响杂交效果。授粉时，将套袋打开，用毛笔蘸上花粉轻轻涂在母本雌花柱头上。少量杂交植株，可用镊子夹住花药直接在柱头上触擦。根据母本小花开放时间先后，在柱头成熟后的2至3天内，可连续授粉2至3次，增加授粉受精几率。
挂牌、采种授粉后及时挂上标签，注明父、母本名称、授粉日期与次数，以利记载杂交后代的亲缘关系。授粉后的子房在谢花后10天开始有明显的发育，未能授粉的子房，谢花后逐渐萎缩脱落。一般在授粉后7至9个月，果实长成蒜头大小，表皮成白绿色，即可采收。剪下果穗绑好置于通风透光处，经15天后熟，即可取出种子播种。按杂交组合编号播种，并与父、母本种子作对比，以便选育新优品种。
