保罗是被罗马皇帝尼禄处死的。
公元67年，在罗马帝国东部作第五次传教漫游后，保罗返回耶路撒冷。但根据资料记载，最有可能的情况是，保罗被当时罗马暴君尼禄下令逮捕，后被送往罗马接受审判。
还好保罗拥有罗马公民的身分，尚有较优渥的待遇，得以接见亲朋，提摩太后书就是于此时完成的。经过多次的庭审，至终被判定为死刑，又因他是罗马公民，所以不需要受钉十字架的酷刑，他的刑罚较为轻易，保罗于公元68年被斩首处死。
根据古代的传说，他被刽子手带到南城的奥斯第亚门（Osteia）离城约二英哩的埃圭赛维（Aquae Saviae）刑场斩头。后来的君士坦丁大帝在此处建了一座圣保罗堂，作为他殉道的纪念。
