兼有有氧呼吸和无氧呼吸。
在最初种皮还没破裂阶段，种子因为缺少有氧气主要进行无氧呼吸。
种皮破裂种子就开始进行有氧呼吸，因为氧气可以抑制无氧呼吸。
种子萌发是指种子从吸胀作用开始的一系列有序的生理过程和形态发生过程。种子的萌发需要适宜的温度，适量的水分，充足的空气。
种子萌发时，
首先是吸水。种子浸水后使种皮膨胀、软化，可以使更多的氧透过种皮进入种子内部，同时二氧化碳透过种皮排出，里面的物理状态发生变化；
其次是空气，种子在萌发过程中所进行的一系列复杂的生命活动，只有种子不断地进行呼吸，得到能量，才能保证生命活动的正常进行；
最后是温度，温度过低，呼吸作用受到抑制，种子内部营养物质的分解和其它一系列生理活动，都需要在适宜的温度下进行的。
