首先保鲜冷库在贮藏西瓜入库前，应先消毒及制冷，在西瓜入库前5.6天，用选用0.1mg/kg克菌灵喷洒来消毒，保持保鲜冷库内卫生清洁，没有杂菌。启动保鲜冷库库内制冷系统，将保鲜冷库温度调控在8-12℃，然后根据西瓜品种特性，1周内降至最佳温度。
西瓜入保鲜冷库储存之前，要先让西瓜预冷。预冷可以在采摘后堆放在地里，直接利用夜里低温预冷，在早晨温度回升之前存入冷库贮藏。西瓜入保鲜冷库时在一周内，利用冷库制冷机系统循环空气，借用热传导和蒸发潜热冷却西瓜，让西瓜本身与冷库温度一样。西瓜保鲜冷库的相对温度8-12℃，相对湿度80％左右，最低库温可控制在5-6℃。
冷藏库的管理
1、西瓜保鲜冷库贮藏的相对温为5-6℃，尤其是西瓜入保鲜冷库贮藏初期，应根据渐渐降温后，再调整为正常贮藏，最大限度的减少西瓜的生理病害，提高西瓜的储存质量。夏季或秋季从保鲜冷库内取出西瓜时，西瓜表面会容易凝结水珠，出保鲜冷库后在货架的时间很短，所以西瓜出保鲜前需要慢慢升温，让西瓜本身温度慢慢升高到合适的温度再出库，这样非常有利于保证西瓜的质量和延长货架时间。
2、西瓜保鲜冷库贮藏的相对湿度为80-85％，由于制冷系统工作蒸发管会经常不断地结附冰霜，再又不断地将蒸发管上的冰霜冲走，再就是根据建筑物多用水泥材料，导致保鲜冷库内湿度降低，这样不符合西瓜对湿度的要求，在西瓜贮藏期可以可以在地面洒水或是铺湿草帘保持保鲜冷库内合适的湿度。
3、西瓜保鲜冷库内，西瓜在储存过程中会通过呼吸作用放出co2和乙烯等其他刺激性气体，当这些气体达到一定浓度后，会导致西瓜果实的后期成熟衰老，西瓜品质变差，无法达到长期储存。所以西瓜保鲜冷库必须通风换气。通风换气时间最好是在自然温度较低的早晨，同时开启自动喷雾器，随冷风将细微水雾送入西瓜保鲜库内，效果更加理想。
