主要原因有几点：
一是南明没有稳定的疆域，一直处于流动作战中，弘光定都南京，鲁王定都绍兴，隆武定都福州，绍武定都广州，以上四个政权都只坚持一年左右就灭亡了，本质上南明其实是一个流亡政府，并不是一个稳定的王朝。
二来崇祯帝死后，皇子们死的死，失踪的失踪，根本没有合适的皇位继承者，其他各个宗室子弟为了争夺皇位大搞内乱，使得南明内忧外患，灭亡也是在所难免。
最后一点则是因为南明政府的错误决策，自李自成攻占北京不久后，满清也随即入关，李自成带领的大顺军和满清士兵交战落败，大顺军政权开始逐步瓦解，说到这，不得不提南明政府一开始仇视的对象其实并不是满清，而是推翻了明王朝的李自成，因此清军打着为崇祯帝复仇的旗号入关攻打李自成时，南明还企图借清军的手消灭大顺军。
随着清军三路南下，直抵江淮地区，此时的南明政府才恍然大悟，自己低估了满清的狼子野心，最终南明政权土崩瓦解。
