位于将军南路与吉印大道交叉路口，为5号线与既有S1号线的换乘车站。
2
九龙湖南站
位于吉印大道与苏源大道交叉路口，距既有3号线九龙湖站南约1公里。
3
诚信大道站
位于双龙大道与诚信大道交叉路口东侧，为5号线与既有3号线的换乘车站。
4
前庄站
位于诚信大道与殷富街交叉路口，周边区域名称为前庄。
5
科宁路站
位于科宁路与竹山南路交叉路口。
6
竹山路站
位于竹山路和天元东路交叉路口，为5号线与既有1号线的换乘车站。
7
新亭路站
位于竹山路与新亭路交叉路口。
8
东山站
位于竹山路和上元大街交叉路口、江宁东山老城区核心区域，与远期12号线同站换乘。
9
文靖路站
位于文靖路和土山路交叉路口北侧。
10
东山香樟园站
位于规划土山路与规划花湾路交叉路口，周边打造有香樟园生态美丽乡村。
11
神机营站
位于规划国际路与规划机场五路交叉路口、大校场机场跑道南侧边缘、明代精锐营团“神机营”所在地。
12
大校场站
位于大校场机场北端核心区，靠近机场原航站楼，为5号线与10号线东延线的换乘车站。
13
七桥瓮站
位于规划冶修二路与规划红花路交叉路口，东北向为七桥瓮湿地公园。
14
石门坎站
位于光华路和规划冶修二路交叉路口南侧，所在区域老地名称为石门坎。
15
光华门站
位于大光路和御道街交叉路口西侧，所在区域紧靠南京老城门光华门。
16
通济门站
车站沿大光路东西向跨尚书巷敷设，靠近通济门隧道，周边区域名称为通济门。
17
夫子庙站
位于建康路和平江府路交叉路口北侧，为5号线与既有3号线的换乘车站。
18
三山街站
位于中山南路和升州路交叉路口东南侧，为5号线与既有1号线的换乘车站。
19
朝天宫站
位于建邺路与莫愁路西侧地块内，东侧为朝天宫正门。
20
上海路站
位于上海路与汉中路交叉路口，为5号线与既有2号线的换乘车站。
21
五台山站
位于上海路与广州路交叉路口，与远期地铁13号线同站换乘，西南向为五台山。
22
云南路站
位于云南路与北京西路交叉路口北侧，为5号线与既有4号线的换乘车站。
23
青春广场站
位于中山北路与山西路交叉路口，车站东侧区域已打造为市民文化广场。
24
虹桥站
位于新模范马路与中山北路交叉路口北侧，周边区域原地名称为虹桥。
25
福建路站
位于福建路与中山北路交叉路口，与在建地铁7号线呈十字型节点换乘。
26
盐仓桥站
位于中山北路与南祖师庵的交叉路口，横跨南祖师庵设置，周边地名称为盐仓桥。
27
下关站
位于热河南路与中山北路交叉路口南侧，所在区域西北向为原下关区政府所在地。
28
静海寺站
位于规划中央大街与建宁路交叉路口，所在区域周边为著名旅游景点静海寺，车站位置距离景点约600米。
29
南京西站
位于龙江路和规划滨江路交叉路口东侧，站址东北向为原南京火车西站客运站旧址。
30
方家营站
沿规划南北向的滨江路、跨方家营路口设置。
