苹果有多种颜色是因为这是由苹果的果皮细胞中的色素种类和数量决定的。我们常见的苹果品种，从颜色上来分类的话，主要有绿，黄，红三大类。
1.绿色的品种，是果皮细胞中含有叶绿素的缘故。
2.黄色的品种，果皮细胞中的色索，主要有叶绿索、类胡萝卜素、新黄嘌呤和紫黄嘌呤等4种。黄色品种的幼果是绿色的，在果实发育过程中，随着果实的成熟，果皮细胞中的叶绿素就会分解，随之逐步减少，黄色色素特别是紫黄嘌呤增多，果实即渐次变为黄色。
3.红色品种，其颜色主要是果皮细胞中花青索的作用。花青素在果实发育过程中，随着果实中碳水化合物的积累，在一定的外界条件下，果实细胞内的糖分经过一系列的生物化学变化而形成的。苹果果实中花青索的形成，与品种的遗传特性、生态条件以及栽培措施等有关。不同颜色的苹果，在幼果期都是绿色的，是因为果皮含有叶绿素和类胡萝卜素，叶绿素在果实未成熟时，其分解和合成作用保持平衡。
