工作原理在于根据空气负压技术，将马桶冲水道作为吸气通道，通过排水阀的中空通道，利用气压，将排便后产生的臭气完全吸进排水管道，经过水、活性炭等天然除臭介质进行三重过滤，迅速净化各种有害气体，然后排出，可以说，从根本上解决了臭味处理的问题。智能马桶盖的整个过程全部利用天然介质进行除臭，不会产生二次空气污染，除臭率高达99%以上，同时，除臭时电机耗电小，不会产生电费负担。
马桶盖坐便器除臭器，包括坐垫和坐便器盖两部分，两者连接在中空状固定轴上并绕轴转动，固定轴一端封闭一端敞口，从封闭端开始依序内置了电机、风扇、过滤器、香料盒，固定轴上有与坐便器内相通的进气口。智能马桶盖的微型电机带动风扇抽风，由坐便器内抽出的臭气进入过滤器后得到净化，再经过香料盒随之排出清新的空气。但坐便器除臭器较为耗电，且不能从根本上去除臭味，实际达到的效果与空气清新剂大抵相同。
