奥迪A6的空调开关是ECON/OFF按钮，短按是打开或关闭经济模式，长按是彻底关了。中央控制面板上有一个“AC”键，是制冷开关。然后把旋钮调到“0挡”时为出风关闭。
奥迪A6空调系统在自动模式下会保持在所设定的温度。出风温度、鼓风机风量和气流分配都会自动改变无需手动调整。因此，在自动模式下可以随时为乘客提供最舒适的车内环境。即使在春秋季节气候适宜的情况下，空调系统也能保持车内的空气清洁。
奥迪A6采用分区空调，可以在中控空调面板以及MMI显示屏中进行设置。当车辆在阳光下晒得很热时，可以使用空调系统迅速降低车内温度。空调系统也可以以ECON模式运行从而节省燃油。
