但他很快就得到了另一个重要任务，跟随干部团火速赶往东北，建立根据地。吴永福一听到消息就报了名，现在获得了批准。1945年10月，干部团出发北上，计划穿过冀中军区，跨越平津铁路，然后经过山海关、锦州，直奔沈阳。
这一路并不容易，因为要穿过国民党占领区，很危险。所以，干部团为了安全，基本上都是昼伏夜出。但就算这样，也偶尔和国民党部队接触，非常危险。
这一路上看到的场景，让吴永福记忆犹新：日伪军的残暴统治，再加上地主土匪的欺凌，很多农民贫穷到了极致。吃不饱饭是常态，每个人都瘦骨嶙峋，精神恍惚。很多农民都没有衣服穿，一家人穿一条裤子很常见，有些十八九岁的姑娘没有衣服，只能蹲在屋里出不了门。
要不是亲眼看到这种惨状，很多人根本不会相信。现在虽然日本人投降了，但老百姓想过上好日子依然很难，因为还有地主剥削，还有一股股的土匪肆意抢劫。要让老百姓尽快过上像样的日子，只有建立根据地，剿灭土匪，安定地方才行。
但是，一路上困难重重。比如从承德到锦州的路，被地主和土匪武装完全控制了，八个干部团都被困在了承德，过不去。怎么办呢？后来干部团自己截住了一辆火车，买了一些煤上了车。但是因为车皮太少，只能拉走干部团的成员，马夫和2000多匹马都留在了承德。
火车白天停下，晚上才敢继续走，遇到大坡还经常爬不上去，好不容易到达沈阳新民县车站，领了衣服和补给，吴永福所在的干部团接到命令，要去嫩江。
下面的路更不容易走，每一步都充满了危险。
除了少数生病的人用大车拉着，大多数干部团成员都是步行，继续北上。但是没想到，刚从高台子出发走了6里路，就遇到了地主武装拦路不让走。这些地方武装虽然不是土匪，但也习惯了“占山为王”，谁也别想随便进入他们的地盘。
为了避免冲突，干部团没有硬闯，而是专门送信说明情况，只是借道，绝不碰一针一线。商量了很久，对方才同意，他们端着刺刀站在路两旁，高处还架上了机枪和小炮，紧盯着干部团从中间走过去。
到了洮南，吴永福率领的干部团比较谨慎，没有进城。没想到第二天一大早就遇到了土匪，对方是大群的骑兵，一下就把干部团所在车站包围了。这下麻烦了，来的时候有人说，日军走后遍地都是武器，所以干部团大多数人都没有携带枪支弹药，现在就只有几枚手榴弹可用。干部团全部集中在了小楼里，手持砖块准备和土匪拼死一搏。
幸运的是，土匪不知道干部团的情况，也不敢贸然进攻，围困了一天一夜就撤了。
又经历了重重困难，直到12月中旬，吴永福所在的干部团，才抵达齐齐哈尔的甘南县。此时的嫩江大地，已经被冰雪覆盖，一路上北风呼啸，到了地方大家都冻得下不了车。吴永福此时已经意识到，想在东北扎下根，不容易！
当时，国民党占领大城市，我们只有占领周边农村地区，才能继续生存下去。但是，除了面对国民党外，敌人还有地主武装和土匪武装。尤其是有些土匪武装被国民党收编，曾经缺粮缺武器的“胡子”，摇身一变成了“正规军”，有军饷有装备，特别难对付。
没多久，吴永福担任了四团团长，要带队剿匪了。
面对这么多敌人，队伍只有经过实战，才能强大起来。吴永福明白这个道理，所以一上任，就主动寻找土匪作战。一开始，他就得到情报，说集贤村有土匪队伍，两个连的战士赶过去之后，对方早就跑了。后来听说中兴村有土匪，吴永福带队过去，刚一交火对方又跑了。
但是很快，队伍就遭遇了意外情况。有一天，吴永福派一营长张广增率领一个连去搞宣传动员，队伍刚走到小泉子村，迎面遇到了敌人。张广增立刻带领三连抢占有利位置，与敌人的大队骑兵交火。
这伙敌人原本是地方自卫团，后来被国民党收编，成了“东北挺进军黑龙江第六旅”，老百姓都称呼他们“黑六旅”。这伙人的战斗力并不差，而且对当地各方面都比较熟悉。张广增带领的三连和他们刚交上火，队伍里就出了叛徒，打死了二排长，而且鼓动一些新兵举手投降。
除了张营长和马副指导员侥幸逃出之外，其他人不是投降，就是被俘虏了。之后，黑六旅又快速冲向了吴永福所在的中兴村。
吴永福得到消息时，敌人已经快要打进来了。他赶紧命令身边的一个连占领村公所，四个炮台都安排了轻机枪，自己操作一挺九二式重机枪，抓紧用火烤了烤（因为天冷，不烤有时候打不响），对准了外面。
黑六旅的骑兵围住了村公所之后，大声喊话说：“你们只有一个连，跑不了啦，快投降吧！”吴永福一看敌人离得这么近，一声令下轻重机枪一起开火，敌人就像刀割麻杆一样的倒下。他们赶紧找地方隐蔽，朝村公所射击。
集贤村是四团的大本营，此时已经得到消息，立刻派出大车队，飞奔而来。当时天已经快黑了，大车队浩浩荡荡地过来，黑六旅不知道有多少人马，害怕被包围吃掉，慌慌张张地逃跑了。之后，吴永福赶紧联系领导，通过苏军的交涉，把三连被俘的干部营救了回来，当地的新兵都被放回家了。
到12月底，又出了一件大事。
当时，吴永福接到上级命令，带队袭击朱家坎的敌人。万万没想到，大部队奔袭朱家坎的路上，七棵树的自卫团勾结黑六旅、黑七旅，袭击了我军在七棵树的留守部队。吴永福得到消息后，立刻放弃原定计划，带队赶往七棵树。
敌人又是先一步得到消息，溜之大吉了。七棵树的留守部队中，18名干部被敌人杀害，损失惨重。敌人熟悉地形，又安排了很多眼线，想战胜他们确实不容易。
吴永福沉下心来，一方面抓紧训练战士们，一方面多和贫苦老百姓接触，了解敌情。1946年1月上旬，军区领导组织了一次行动，调动大量部队攻击黑六旅、黑七旅的老巢。敌人也提前获得了情报，但这次他们没有逃跑，反而摆开架势准备打一仗。吴永福率领一千多步兵，在阵地上抵挡黑六旅骑兵的冲锋。
敌人骑兵有一两千人，反复冲锋，战斗十分激烈，双方都伤亡惨重。从早上打到中午，旅长怕吴永福的队伍被包围吃掉，命令他们立刻撤退。但吴永福觉得，敌人是骑兵，此时撤退只会被他们追杀。于是，他没有服从这个命令，让队伍坚持在阵地上，一直到晚上才撤走。
接二连三的失败，证明要对付敌人，不仅要掌握更多的情报，还要出其不意的打击对方才行。临近春节的时候，忽然传来消息，敌人集结在碾子山到太平村一带的屯子，准备进攻我军。既然这样，上级领导决定出其不意，在敌人动手之前，先狠狠打他们一次。
为了打敌人一个措手不及，我军两个旅分别出击，分成若干部队包围各个屯子，一起动手。吴永福率领二营，负责消灭驻扎在张家大沟的黑六旅旅部。
除夕那天下午，队伍悄悄出发了，到了午夜时分，在敌人丝毫没有察觉的情况下，他们就被分割包围了。当总攻信号弹升起的时候，各村各屯都打了起来，敌人正准备吃饺子呢，忽然间遭到攻击，方寸大乱。
吴永福带领队伍围攻张家大沟，敌人来不及组织反击，跳上马飞奔而逃。战士们在外面堵着打，取得了大胜，歼敌400余人，缴获了很多战利品。之后队伍乘胜追击，正月初三打下了碾子山，之后又占领了李三店，把黑六旅、黑七旅打得溃不成军，再也不敢来硬碰硬了。
和土匪的斗争越激烈，吴永福越意识到骑兵的重要性。
很快，他就向上级领导请示，专门组建骑兵团，这样才能和机动性强的土匪周旋。要组建骑兵团，最难的不是兵，而是马。普通老百姓太穷，根本不可能有马。于是，吴永福到处召集地主富农开会，对他们说：土匪太猖獗，你们也过不安稳，如果能帮着建立骑兵部队，清除土匪，对谁都有好处。
在一些地主和富户的支持下，吴永福很快就组建一个骑兵大队。之后，他安排阎连长和罗指导员留在集贤村训练这支队伍，自己赶到甘南找上级汇报情况。
刚到甘南见到旅长，吴永福就兴致勃勃地说起了组建骑兵团的事情，但是，旅长此时忽然生气了。一问才知道，旅长刚刚得到消息，集贤村的骑兵大队叛变了！原来，吴永福刚走，骑兵大队的队长就把队伍带到了另一个村子，并且密谋要抓住阎连长和罗指导员，然后带着队伍去投靠国民党。有人秘密告诉了罗指导员，他来不及多想，快马加鞭回来报告了这个消息。
吴永福一听，气得火冒三丈，自己好不容易组建起来的骑兵队，怎么能白白送给敌人？不顾旅长的反对，他立刻上马，带着手下的十几个人，立刻去追骑兵大队了。一路追到景家窝棚，远远看到这支队伍慢慢过来了，吴永福立刻告诉身边的战士，把短枪都顶上火，一旦发现情况就动手。
结果，看到吴永福过来，那些想叛变的人立马蔫了，乖乖认错听话了。
骑兵大队后来又进行了扩充，实力越来越强，开始四处出击剿灭土匪。土匪“白合”混迹多年，手底下有几百人的队伍，但是在吴永福的打击下，身边已经没有几个人了。有一次吴永福得到消息，立刻带兵围住了白合的住处，白合知道自己无处可逃，最终投降了。
白合骑着一匹大黑马，成了吴永福的坐骑，这匹马非常好，打仗的时候它一点也不害怕，枪林弹雨都敢往前闯。从此，吴永福就骑着这匹马，驰骋于嫩江两岸，四处打击土匪武装。
吴永福带领队伍四处剿匪，到1947年2月，大股的土匪基本上都被剿灭了。剩余的那些残兵败将，都由县大队和区中队负责，吴永福则奉命南下，投入了解放战争的洪流之中。
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