全长32.4公里的苏通大桥，分为南北岸接线高速公路和跨江大桥3部分，车辆通行费的收取也是“桥归桥、路归路”，其中，南北岸接线的车辆通行费按行驶里程、车型来计算，跨江大桥部分的通行费按车次、车型计算。苏通大桥全线共设有5个收费站，分别为苏通大桥南和苏通大桥北2个主线收费站，常熟开发区、南通开发区和竹行等3个匝道收费站。大桥核定收费年限25年。 为方便长江两岸经济社会交流，在苏通大桥的收费标准中特别明确了几项优惠措施：对行驶在大桥5个收费站之间的过江车辆，统一计算南北岸接线部分的最低收费，按5元、10元、15元这3档标准收取；对20座以上的客车通过跨江大桥部分的通行费，按每车次60元的优惠标准收取；对出租车通过跨江大桥部分的通行费，按每车次25元的优惠标准收取。今后如开通苏州至南通的城际班车，还将另行制定优惠政策。
