玛瑙和水晶的主要区别在于性质不同、透明度不同、内含物不同，一般来说玛瑙是多晶体结合物，大多数以半透明或者不透明居多，内含物丰富，而水晶是单晶体，主要以透明度高而得名，内部瑕疵少。
1、性质不同
虽然玛瑙和水晶的主要成分都是二氧化硅组成的，但它们的性质是不同的，通常情况下水晶是单晶体，而玛瑙是多晶结合体，在电子显微镜下看到的玛瑙则是无数个微小的二氧化硅的晶体组成。
2、透明度不同
玛瑙和水晶都属于珍贵且稀有的晶体矿石，但两者的透明度大有区别，通常水晶是以透明度高而出名，所以看起来比较通透，而玛瑙大多数以半透明或者不透明居多，这也是它们最大的区别之一。
3、内含物不同
玛瑙是天然形成的晶体矿物，在内部多多少少会存有一些絮状物，尤其是顶级的玛瑙中内部有少许晶莹透亮的内含物，而大多数水晶内部中没什么瑕疵和杂质，且净度高，故以此得名。
