首先，花卉种子一定要保持清洁，如果上面还有一些残花，则需要把它们去掉，以免沾染细菌，使种子受到影响。被保存起来的花种一定要彻底地进行干燥处理。可以放在阴凉的地方让它自然阴干，切不可放在大太阳底下让它曝晒。干燥的种子要用纸袋、或罐子之类的容器放好，并在包装上写好种子的名称和采集日期，因为花卉种子放得越久就会越影响发芽率，所以标好的采集日期以避免错过好播种期。
要将种子放在阴凉干燥的地方，避免被阳光晒到，环境不能潮湿，干燥凉爽的环境保存，温度和湿度都没有太大的波动，这样的环境下种子才不容易发霉，才能最大程度提高种子的发芽率。我们可以把花卉种子用牛皮纸包好后，放在陶瓷坛子里，再放上一小包氯化钙，它能起到吸湿的作用，注意氯化钙不要和种子直接接触，装满后密封坛口，这样种子就不容易受潮了。有些的珍贵的花卉种子还需要进行冷藏，可以把它们放在密封好的容器里，放进冰箱内，温度控制在5℃左右，长期冷藏，保存效果也比较好。
