如果档案没有涂改，但是就业局在代管时认为涂改并被按手印，可以采取以下步骤：
保持冷静并收集证据：首先，确保你已经了解了整个情况，并确定档案中是否真的有涂改。如果就业局认为档案有涂改，那么他们可能有一些证据。尝试从他们那里获取这些证据并查看，这可能有助于你了解情况并找到解决问题的方法。
与就业局沟通：如果你认为就业局的判断有误，可以尝试与他们沟通。解释你的立场，说明档案没有涂改，可能是存在误解或者其他原因导致的错误判断。保持冷静，并确保在沟通时不要给予就业局压力或威胁。
寻求法律帮助：如果你认为就业局的判断是错误的，而且与他们沟通没有结果，可以考虑寻求法律帮助。咨询专业律师，说明你的情况并提供相关证据，他们可以为你提供法律建议和指导。
遵循法律程序：如果你决定采取法律途径解决问题，请遵循法律程序。律师会为你提供专业建议和指导，确保你的权益得到维护。
无论采取哪种方法，都要确保你有充分的证据证明你的立场。这可能包括档案的副本、通信记录、文件等。在处理此类问题时，保持冷静、客观和理性是很重要的。
