1.
物理方法，鱼缸底部沉淀物一般是鱼粪。更换鱼缸中的水，用软管按照虹吸的原理将水中的鱼屎连带着水一起吸出；
2.
生物方法，在鱼缸里铺上一层底砂，比如大理石，然后种植一定量的水生植物，底砂和水草可以沉淀吸附鱼屎或者其他鱼类排泄物，水缸中的有益菌可以分解鱼类排泄物，水草可再次吸收利用有益菌的分解产物。
3.
如果鱼缸有过滤设备的话，也可以通过改造过滤来清理鱼屎。最简单的方法就是加装一个造流，这样可以定期来冲击缸底，从而将其冲走，这样鱼屎会跟随水流进入到滤槽中。
4.
加强鱼缸的硝化系统，鱼的粪便能快速分解，就不会造成鱼缸氨氮超标。
鱼粪会在鱼缸中产生氨气，这种气体对鱼有毒害性，只有将鱼缸的硝化系统建立好，硝化系统足够强大，鱼粪产生的氨氮物质就能很快被转化为无毒的硝酸盐，不会对鱼儿造成危害，也就无需担心鱼粪的清理了。
