国家粮食局是行政管理部门,中储粮总公司是一个国有大型企业,二者都是副部级,互不隶属。
国家粮食局对于中储粮直属库有监管的职能。
总之关系比较复杂,有典型的中国特色,需要进行改革,尤其是中储粮公司这样行政职能和企业行为不能划分清楚的怪物。