1恶臭
粪便中因含有硫化氢、粪臭素（甲基吲哚）、脂肪族的醛类、硫醇、胺类和氨气等，所以臭气难闻。如果粪便排出后不能及时处理会使臭味增加，危害人畜的健康。
2 氮和磷的污染
畜禽粪便中含有大量的氮和磷的化合物，尤其是在饲料的氨基酸不平衡、可利用养分低的情况下，含量更高。如肉仔鸡粪便中含有约50％的食入氮及55％的食入磷。这些氮和磷进入土壤后，会转化为硝酸盐和磷酸盐，含量过高会使土地失去生产价值，造成地表水和地下水的污染，使水中硝态氮、硬度和细菌总数超标。水体富营养化后，蚊蝇及其它昆虫大量孳生，藻类和其它水生植物大量繁殖，使水中溶解氧减少，鱼虾等水生动物因缺氧而死亡。
3 金属元素的污染
当今畜牧业生产中大量使用各种微量元素添加剂，如仔猪生产中使用铜制剂可高达250mg/kg，铁制剂100mg/kg。此外，含砷生长剂也广泛使用，据测算，一个10万只肉鸡场若连续使用有机砷生长剂15年后，周围土壤中的砷含量会增加一倍。
4 生物污染
患病或隐性带病的畜禽会排出多种致病菌和寄生虫卵，如大肠杆菌、沙门氏菌、鸡金黄色葡萄球菌、传染性支气管炎病毒、禽流感和马立克氏病毒、蛔虫卵、毛首线虫卵等。据化验分析，畜牧场所排放的每毫升污水中平均含33万个大肠杆菌和66万个肠球菌；沉淀池内每升污水中蛔虫卵和毛首线虫卵分别高达193.3个和106个。如不适当处理，不仅会造成大量蚊虫孳生，而且还会成为传染源，造成疫病传播，影响人类和畜禽健康。
