制作豆腐乳的过程中真菌起到发酵的作用。将豆腐变成腐乳，是因为毛霉能将豆腐中的蛋白质分解成小分子的肽和氨基酸，将其他的大分子有机物分解为小分子物质，如果配上各种佐料，不仅味道鲜美，营养丰富，易于消化、吸收，还有利于保存。毛霉是一种低等丝状真菌，种类很多，在适宜的条件下能够迅速地生长，产生发达的白色菌丝，在自然界中广泛分布。 制作过程中不仅仅只有毛霉发挥作用，除毛霉外，还有根霉、青霉、酵母菌、曲霉和细菌，它们都能起到发酵的作用，但豆腐特殊的环境适合毛霉生长，毛霉容易大量繁殖，形成种群优势，而其他杂菌的生长会受到抑制，因此，腐乳的形成主要是毛霉的作用。
