果实采收回来后，必须及时处理以免果实或种子发热、发霉变质。可将采收回来的果实立即摊开置放在通风透气的地板上微晒、风吹或阴干，让果实快速失水开裂，经过2-3天，果壳裂开，种子可自行脱出，然后除去果瓣收集种子；或者也可以组织人员，手工剥开果瓣取出种子，剥开时应尽量避免损伤蝌蚪尾巴状的附属物。
沉香种子处理出来后再进行净种处理，净种也成为种子精选，一般采用手工挑选的方法来清楚种子中的各种夹杂物，如果瓣、果柄、枝叶、瘪粒、石块、土粒、废种子等，以提高种子纯度，利于贮藏和播种，沉香种子采收后最好能及时播种，发芽率可达84%以上。
