1、组织者不一样
公办本科院校一般是由国家或者集体举办的高等院校，而民办本科院校则是由国家机构以外的个人或者社会组织举办的高等院校。
2、学费上有很大的不同
公办本科最主要的目的，就是培养优秀人才，教育经费都由国家或者地方支出，学费上比较统一不会太贵，一般在五千左右，艺术类专业可能会稍贵一些。
而民办本科除了培养人才外，还以盈利为目的，毕竟学校所有支出都是自己掏钱，想要学校能够办得下去，也是需要经费的，所以一般学费会比较昂贵，便宜的最少也要一万多起步，贵的甚至有十几万的。
3、生源质量和社会认可度有所不同
公办本科院校的社会认可度高，所以高考考生更倾向于优先报考公办大学，而民办本科院校的社会认可度更低，报考的考生也会更少。
因为报考公办大学的学生更多，所以公办院校的分数普遍高一些，而剩下分数更低的考生才会选择民办院校，这就是的民办院校的生源质量更差一些，学习氛围也会更弱很多。
从学历认可上讲是没有区别的。不过一般来讲，民办本科学校属三本居多，公办本科基本没有三本。所以毕业社会认可度上民办本科要稍差一些。
